1926년 도이체 아에로 로이드(Deutsche Aero Lloyd)와 융커스 루프트베르케르(Junkers Luftverkehr)의 합병으로 세워졌다. 당시 정식 명칭은 도이체 루프트한자 AG(Deutsche Luft Hansa Aktiengesellschaft)였으며, 루프트한자라는 단일 이름은 1933년부터 쓰였다. 루프트 한자는 보잉 737기를 최초로 구매하여 취항한 항공사였다. 1964년에는 보잉 727기로 북극을 경유하여 일본으로 처음 운항했다. 1990년 독일의 베를린 장벽이 무너지면서 루프트한자는 베를린 취항을 재개했다. 1997년 루프트한자, 에어캐나다, 스칸디나비아항공, 타이항공, 유나이티드 항공은 세계 최초의 항공사간 전략적 업무제휴 연합체인 스타얼라이언스 (Star Alliance)를 창설했다. 2004년 보잉의 기내 온라인 연결 서비스인 코넥션(Connexion)을 처음으로 도입했다. 2010년 에어버스인 A380을 사들여 에어프랑스 다음으로 유럽 노선에 투입했다. 1984년 앵커 리지를 경유하는 노선을 운항하면서부터 한국에 처음 취항했다. 이후 1988년 보잉 747기로 홍콩 경유 노선을 주1회 취항했고, 1989년 주2회 증편했다. 1991년 서울-프랑크푸르트 직항 노선을 주3회 운항하다가 1998년부터는 매일 운항한다.